Le domaine d’intervention des UMJ comporte deux grands champs :

• La médecine légale du vivant qui comprend les consultations médico-légales à destination des victimes et auteurs d’infractions pénales (violences, accidents de la voie publique, accident de travail, examens des personnes gardées à vue, …), les examens de détermination de l'âge biologique, ... 
• La médecine légale thanatologique qui comprend les levées de corps, les examens externes de corps ainsi que les autopsies, ces dernières étant réalisées à l’institut médico-légal (IML)

Les consultations ont lieu dans l’urgence, sans rendez-vous ni planification préalables. Le soin et la préservation des preuves doivent être réalisés rapidement. Les UMJ sont généralement situées dans les hôpitaux. Les examens pratiqués au sein des UMJ se déclinent généralement en deux volets : le volet médical (examens physiques, somatiques, gynécologiques) et le volet psychologique, effectué par un psychiatre.